某工業企業S公司2014年通過出讓方式取得位于該市產業園的甲工業地塊，支付土地出讓金650萬元。2018年5月，S公司擬與Q公司合作開發甲地塊。根據合作協議，S公司需先將甲地塊由工業用地轉變為商業用地，在此過程中，S公司補交土地出讓金10500萬元。而后，S公司將甲地塊評估作價14000萬元投資設立H項目公司。

　　S公司將土地作價投入到H項目公司，涉及土地使用權的轉讓。對于轉讓土地使用權的增值稅繳納，應適用10%的增值稅稅率。《財政部、國家稅務總局關于進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知》（財稅〔2016〕47號）第三條規定，納稅人轉讓2016年4月30日前取得的土地使用權，可以選擇適用簡易計稅方法，以取得的全部價款和價外費用減去取得該土地使用權原價后的余額為銷售額，按照5%的征收率計算繳納增值稅。

　　就本案中S公司繳稅問題，產生如下爭議：

　　觀點一：S公司雖然是一般納稅人，但由于所擁有的甲地塊，初始取得時間在2016年4月30日之前。按照財稅〔2016〕47號文件規定，可以選擇以取得的全部價款和價外費用減去取得該土地使用權原價后的余額為銷售額，按照5%的征收率計算繳納增值稅。這里的原價應包括S公司2010年取得土地使用權時繳納的土地出讓金650萬元和2018年補交的土地出讓金10500萬元。即：

　　S公司應繳納增值稅：（14000-650-10500）×5%=142.5（萬元）。

　　觀點二：雖然S公司擁有甲地塊的初始取得時間在2016年4月30日之前，但在2016年4月30日之后發生了土地用途的變更，補交了土地出讓金。因此，S公司轉讓土地使用權應繳納的增值稅要分兩段計算。第一階段當該土地還是工業用地時，可以按財稅〔2016〕47號文件規定選擇差額5%的征收率繳稅；第二階段由于2018年5月改變了土地用途，補交的土地出讓金，不可以按財稅〔2016〕47號文件執行，需要全額按10%的稅率計算增值稅銷項稅額。由于S公司投資時的評估價只有一個價款，需要按土地用途進行合理拆分。本案例中，14000萬元可以拆分為工業用地評估價3500萬元和商用地轉讓價格10500萬元。

　　第一階段應繳納增值稅：（3500-650）×5%=142.5（萬元）。

　　第二段應確認增值稅銷項稅額：10500×10%=1050（萬元）。

　　觀點三：雖然S公司對甲地塊的初始取得時間是在2016年4月30日之前，但2018年5月該地塊已經由工業用地轉為商業用地。根據《中華人民共和國城鎮國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》第十八條規定，土地使用者需要改變土地使用權出讓合同規定的土地用途的，應當征得出讓方同意并經土地管理部門和城市規劃部門批準，依照本章的有關規定重新簽訂土地使用權出讓合同，調整土地使用權出讓金，并辦理登記。因此，土地用途變更應屬于土地的重新出讓。因此，該案中S公司取得城鎮土地使用稅的時間應重新計算，即2018年5月。S公司將變更用途后的土地使用權投資轉讓不符合財稅〔2016〕47號文件的有關規定，不能差額按5%的征收率計算繳納增值稅。由于S公司是增值稅一般納稅人，應直接以轉讓價款1400萬元（14000×10%）計算土地使用權轉讓的銷項稅額。

　　上述三個觀點的不同，實際是目前轉讓土地使用權的增值稅政策缺陷所造成的。營改增后，土地使用權轉讓也納入增值稅的征稅范圍，但由于出讓方式限制，取得土地使用權的無法取得增值稅專用發票。對一般納稅人來說，轉讓出讓方式取得的城鎮土地使用稅無法進行正常的增值稅進項稅額抵扣。對于房地產開發企業，繳納增值稅出臺了專門的規定，按照取得的全部價款和價外費用，扣除當期銷售房地產項目對應土地價款后的余額計算銷售額。但對于非房地產企業或是直接轉讓土地使用權，目前增值稅中卻沒有類似的政策。

　　因此，筆者建議，在當前以票抵稅的增值稅大環境下，對轉讓土地使用權的增值稅政策進一步優化。允許轉讓城鎮土地使用稅的一般納稅人在計算增值稅時，將支付國土部門的土地出讓金進行進項稅額抵扣，或是房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目可以進行銷項稅額的抵減，從而保證增值稅抵扣鏈條的完整性。在當前的政策條件下，本案例也應考慮納稅人的實際情況從寬處理，既然S公司甲地塊的取得是在2016年4月30日之前，應允許選擇簡易征收的納稅人在計算銷項稅額時全額抵減取得土地使用權的原價，包括初始出讓金和后續土地改變用途補交的土地出讓金。